Le terme anaérobie sous-entend un processus n’impliquant pas d’O2 ou respiration anaérobie. Les organismes anaérobies (bactéries) n’ont pas besoin d’O2 pour vivre et peuvent au contraire mourir si elles en reçoivent. Les organismes anaérobies diffusent des hydrates de carbone de sorte que le glucose est transformé en éthanol (alcool) et en dioxyde de carbone. Ce processus porte le nom de fermentation. Il est utile pour le biogaz dans les systèmes de traitement anaérobie mais s’avère désastreux pour l’eau de culture. Bon nombre de bactéries indésirables sont des bactéries anaérobies et elles s’avèrent nocives pour les cultures.